在急变期进行移植的患者，仅有约10%〜20%长期存活。通常，急变期患者先进行传统化疗，争取再次回到慢性期，然后尽快移植；进展期患者治疗失败的主要原因，则是疾病复发。
高剂量预处理方案，或许不能完全清除所有的恶性细胞，移植物抗肿瘤效应是防止复发所必需的。一些患者在移植后6~12个月，仍有可能采用细胞遗传学、或PCR技术检测到少数Ph阳性细胞残留。通常，这些细胞会随着GVL效应被逐渐清除。
移植后复发，可以是临床上的全面复发，也可以仅仅表现为遗传学或分子生物学复发。CML是对GVL效应更为敏感的肿瘤，对于早期复发的患者、输注供者T淋巴细胞，80%〜90%可获得持久缓解。
进展期复发的患者，DLI疗效有限；而接受DLI的患者在获得疗效时，可能出现全血细胞减少。进行DLI时，宿主来源造血所占比例高的患者更易出现；通常供者来源造血随后恢复，但是有些患者、可能需要再次输注供者干细胞，以支持造血重建。
统计表明，GVHD是DLI的主要风险，从输注低剂量的T-细胞开始，逐渐增加剂量直至产生疗效，可以降低这一风险。并且，造血干细胞移植也可用于、治疗其他骨髓增殖性疾病。多数学者要求患者存在输血依赖后，再进行移植，以抵消移植所带来的风险。