然而ABC转运蛋白家族，包括PgP，多重耐药蛋白以及乳腺癌相关蛋白等等，这些蛋白与几乎所有天然药物的多重耐药相关。延长低剂量药物如多柔比星等的暴露时间，可能可以克服由这些转运蛋白介导的耐药。
另一方面，谷胱甘肽转移酶、DNA修复能力与拓扑异构酶II的变异，也常常与多重耐药相关。
近期，有关多重耐药的研究，发现了凋亡调定点的改变。其体内试验和体外实验的耐药性，也存在一些差异，这种情况也正在改变着联合化疗的方式。
通常来说，延长药物暴露时间会产生稳定的耐药细胞株，而短期暴露则会产生短期而可逆的耐药。短期耐药在机制上、是如何与长期耐药相关联的，是否是通过基因起作用，这些问题的答案临床也正在研究当中。