其缺点是，对某些肿瘤由于针吸组织少，使得诊断较困难，因而有时须切取或切除活检。同时，穿刺活检有可能导致肿瘤细胞播散，要严格掌握适应证。而切取活检，即切取一小块肿瘤组织做组织学检查，以明确诊断；可用于浅表肿瘤，亦可用于深部肿瘤，尤其软组织肿瘤的确诊。
为了决定肿瘤的切除范围，必须先做活检才能确定；有些内脏肿瘤在治疗前，也必须有病理组织学的证实。如果肿瘤较大，不能做全部切除时，可以采用切除活检；做切取活检时，必须注意手术的切口及进入途径，要考虑到活检进入的切口及进入的间隙，必须能在随后的手术中一并切除，避免造成肿瘤的播散。
而切除活检是指完整切除肿瘤，送病理检查以明确诊断，适用于直径小于3cm的孤立肿瘤。对于较大肿瘤活检这种方法，是不可取的，因为在小的手术切口上，可能造成肿瘤的播散；因此当怀疑骨骼软组织肉瘤的时候，这种方法是禁忌的。
一般情况下，该方法可用于结肠息肉样病变、甲状腺和乳房肿块，皮肤病变以及病理医师从切取活检中，无法作出明确诊断的时候。不明性质的肿块，无论是诊断还是治疗均需手术切除，例如FNA（细针吸取）未明确性质的肿块，可能需行全切除；尤其是回盲部肿块，无论是炎性息肉还是肿瘤。