对于一种胃肠道梭形细胞肿瘤的认识，之前认为其起源于平滑肌，事实上是朝向自主神经元分化的。其局限性同免疫组化一样，电镜的局限性也包括技术性的和解释性的；已经论过的技术上的局限性包括：组织处理不当，延迟固定或不恰当的固定或处理方法。另一方面的局限性来自于取样，这归咎于电镜被研究的标本体积太小，且费用也是一个限制。
而可用的商品化试剂、明确的操作流程和相对简单的解释，使免疫组化进入了几乎所有医院的病理实验室。但是，对于诊断性电镜，同样的情况却不存在。昂贵的电子显微镜、精细的支持设备、对经验丰富的技师和专业人员的需求，以及高质量的免疫组化、原位杂交和分子检测的出现，都减少了这种方法的应用。尤为重要的是，它需要在外科病理学和电镜方面，都受过良好培训的病理医生。
临床病理医生的职责，在医治癌症病人方面的特定作用是显而易见的，且为肿瘤医生所熟悉。临床病理医生专注于检测，能够早期发现和监测癌症的体液；人们已经对肿瘤抗原和肿瘤标志物领域，产生了极大的兴趣。
至少在理论上，循环于血浆中的肿瘤特异性抗原在诊断肿瘤、判断预后、评估肿瘤负荷、预测复发和指导治疗方面，都是有用的。，一个理想的肿瘤标志物的属性，包括良好的敏感性、特异性，且能准确反映整体肿瘤的负荷；一个肿瘤标志物，也应该可以用来判断预后并预测肿瘤复发。
糟糕的是，迄今为止还没有发现任何一个、符合上述标准的肿瘤标志物；事实上，也不存在任何一种肿瘤细胞的独特产物。各种正常细胞产生了目前已经识别的所有肿瘤标志物，肿瘤患者血浆或血清肿瘤标志物的水平，与正常对照人群或其他疾病的患者相比，只是量的不同，并没有质的区分。