在足够大的研究中，随机分组能可靠地平衡测量到的，和未测量到的预后因素，有效地避免混杂因素的影响。并且，临床试验会限定参加患者的特征，规定其医生对临床意外情况的处理措施，这些会减少临床实践差异的“噪声”。
入组标准排除了治疗毒性风险较高的患者，试验方案规定了诊断和治疗的选择。由此产生的“温室环境”，可能造成研究结果不能代表更广泛的临床使用情况，如由治疗经验不如研究者丰富的医师，进行干预治疗，或临床选择不受限制时。
随机试验是在研究环境下评价干预治疗的效果，这与现实世界中的有效性不同，后者可能不及前者那样令人满意。在典型临床情况下，随机试验的价值不再具有知名性，并且难以判断是否试验性治疗在更佳条件下有效。
除了这一方法学的局限性之外，随机试验给转归研究者带来了另一个麻烦的因素。一位在随机试验中接受治疗的患者，必需接受这一观点，即其疾病并没有首选的治疗，并且引申而言，其医生的知识和经验作用不大。这一处境即均衡性，对疾病威胁生命的患者，通常是尤其难以接受的。