之后一些“脆弱”的染色体片段，频繁地丢失或者独立地扩增，这可能是DNA损伤检验点反应中，基因下调的结果。关于突变方面的情况，可由外源DNA损伤试剂直接引起，如射线、环境突变剂、化疗等，也可由内源或外源产生的活性氧引起，而氮介导的典型突变通常是单核苷酸替代，而微缺失的重要性也越来越明显。
DNA损伤试剂的性质，很大程度上会影响突变频率和突变谱，并可能被DNA损伤信号、DNA多聚酶功能等错配及修复。大规模基因组测序工程，已明确证明乳腺癌和大肠癌，在其突变谱显示了重要的差异。
例如C:G到T:A的转换在大肠癌中占优势，而在乳腺癌中C:G到G:C的颠换占优势。在暴露于化疗试剂的癌症中，诱变剂暴露的影响尤其明显，通常以烷基化试剂治疗的多形性胶质母细胞瘤（GBM）为表现形态；该试剂甲基化错配修复基因MGMT，也展示了显著的高突变表，其多样性终将引起治疗抵抗。