有大学医学中心对34例肝癌患者行质子治疗，平均年龄65岁，全组2年局控率为75%，2年生存率为55%。23例患者监测AFP水平，由治疗前的1405下降至35，绝大多数患者在治疗后3〜6个月降到低点，60%患者出现急性反应，但不需要特殊处理或中断治疗。
患者转氨酶无明显变化，白蛋白下降2.8〜3.3g/dl，在治疗后6个月恢复正常。血清总胆红素水平治疗前增高1.2g/dl，治疗后增高1.7g/dl，但临床上没有出现黄疸症状，6例患者出现轻度腹水，没有患者因放射性肝病死亡。
Kawashima等报道了30例肝癌患者，行质子治疗的n期临床研究结果。患者中位年龄70岁，肿瘤大径2.5〜8.2cm（中位4.5cm），所有患者均合并肝硬化，肝功能Child-PughA 20例，Child-PughBl 0例。通常照射剂量76CGE/20F/5W，结果2年局部无进展率为96%，3年总生存率为62%，3年无病生存率为16%。
常见的副反应是血液学毒性，10例患者出现3度白细胞和血小板下降，但其中8例在治疗之前，已出现2度白细胞和血小板下降。有5例出现3度转氨酶升高，1例出现总胆红素升高，1例出现皮肤糜烂，1例出现皮下纤维化，无2度及以上的胃肠道反应。