这是一个多步骤的过程，其中炎症被认为是这一过程的初始和必要步骤。胃萎缩的特征，在于正常腺细胞的缺失，进而导致酸产生的减少，这些情况使更多的细菌得以在胃壁定植。流行病学研究显示，特定地理区域胃癌的患病率，与幽门螺杆菌特定菌株的流行率相对应。
全部胃癌约75%是幽门螺杆菌感染引起的，实验证据包括，幽门螺杆菌感染在动物中诱导了胃癌，而根除幽门螺杆菌感染，可减少胃癌风险和预防癌前病变。许多高风险幽门螺杆菌菌株编码，是一种被称为细胞毒素相关抗原A（Cag A）的蛋白质。
流行病学研究表明，Cag A阳性菌株在胃癌高发地区占主流，由于细菌Cag A蛋白是一种效应蛋白，它被细菌的分泌系统注射到细胞中，所以能起到刺激细胞生长等作用。宿主细胞上的整合素受体，是Cag A进入细胞的门户，而CagA可被细胞中Src和Abl家族的酪氨酸激酶磷酸化。
当磷酸化的Cag A与SHP-2C致癌酪氨酸磷酸酶，及含有SH2结构域的蛋白相互作用后，其SHP-2能在正常情况下保持非激活构象，其机制与Src相似。当SHP-2的氨基端结构域，通过分子内相互作用，能阻断底物分子进入其活性位点。