它在一定程度上通常会呈雪茄样，其预后会根据发生部位不同而不同。局限于真皮层内的远处转移，而腹膜后的侵袭性也较明显，五年生存率大约为50%。细胞遗传学和分子学检测显示，腺泡状软组织肉瘤的特征，为不平衡的易位。
，产生新的融合基因后，会和转录因子融合。融合后保留的DNA结合区域，似乎会产生变异转录因子。其融合基因有两种类型，类型I（75%），类型II（25%）。有趣的是，类型II的片段较长，也保留了TFE3的激活区域。
具有独特的组织学特点的小儿肾细胞癌中，也有这类融合基因。来源于染色体的重组，在腺泡状软组织肉瘤中是不稳定的。腺泡状软组织肉瘤的基因表达谱，显示和血管生成、细胞增殖、远处转移、类固醇生物合成的转录高表达相关。
对于腺泡状软组织肉瘤的分子诊断，用来检测重排的优点是，同样一个探针不仅可以用来诊断腺泡状软组织肉瘤，也可以用来鉴别诊断是否重排。免疫组化检测是一个很好的方法，因为其蛋白过表达对重排的特异性非常敏感。