在透明细胞肾细胞癌中，酪氨酸激酶抑制剂，可能通过抗血管生成活性、和直接抗肿瘤细胞效应，然后共同发挥作用。但确切的作用机制，以及肿瘤如何对该药产生抗药性，仍待进一步阐明
另一方面，通路的可调节表达及稳定性，已作为转移性肾细胞癌的二线治疗药物。正在研究另外一些潜在治疗靶点，如VHL-H1F通路和mTOR通路中的其他靶点，以及肾细胞癌中、一些新的分子改变提示的可能靶点。
值得一提的是，正在进行的透明细胞癌相关基因组研究，如国际基因组联盟和癌症基因组图谱计划，将很快解析出透明细胞癌分子改变的更完整图景。对于分析HLRCC与乳头状肾细胞癌的关系，及功能丧失的问题，是HLRCC区别于没有FH突变的、其他乳头状肾细胞癌的关键分子事件。
尽管转移性透明细胞肾细胞癌的治疗，取得了重大进展，但现有的这些药物、在转移性肾细胞癌中效果一般。目前，仍需寻找更有效的系统性治疗方案。去更好地了解、散发性和遗传性乳头状肾细胞癌的分子改变，就是发现新治疗靶点的关键所在。