如果适合的分子及遗传的标志物被选择，这个方法在未来可能会应用于分子诊断。对DNA甲基化-靶向分子诊断，DNA甲基化是癌症各种表观遗传学中、重要的分子事件。在转录水平调节基因表达时，DNA甲基化、组蛋白修饰、染色体重建的功能，起着开关的作用。
而各种转录因子，仅起到转录量调节开关的作用。在胃癌CPG岛的高度甲基化、与许多肿瘤抑制基因的基因沉默相关，包括RAR、RUNX3以及MGMT基因。
，在胃癌患者血清中，容易检测出癌症衍生DNA甲基化异常。许多研究报道显示，DNA甲基化异常检测，是一个有用的诊断指标、及显示预后的因子。在20%~50%胃癌患者血清中，可以检测到pl6基因及CDH1基因甲基化。
然而，无癌的正常对照患者中，会检测为阴性结果。一些基因DNA甲基化，与肿瘤分期及预后有关，比如相对于无CDH1基因的甲基化患者。对CDH1基因淋巴结，会被认为是原发肿瘤淋巴引流的第一站。如果未发现转移灶，淋巴结清扫则可以避免。