肺癌转诊治后，蛋A/多肽样本经过表面激光脉冲照射蒸发及电离，这种技术使得固相介质表面，发射离子至气相中，从而直接进入质量分析器分析、过滤及检测。电喷雾电离（ESI）是已开发的另外一种技术，在大气压.力下通过去溶剂化使溶液中的离子，进入气相中。
当样本溶液在ESI针的压力下流出时，针的尖端被施以高电压，喷出的液体形成泰勒锥（taylor cone），肺癌转诊治疗对于溶液中的离子进入更小的液滴，这些液滴经热毛细管通过质量分析器时，辅以加热或干燥的气体使之去溶剂化。这一过程通常认为是库伦爆炸（coulombic explosion）的结果，在溶剂挥发时同一极性的离子聚集在一起，直到离子浓度超过液滴的表面张力，液滴爆炸，只留下带电离子进入质量分析器中。
肺癌转诊治疗机构携康国际介绍，离子进入质量分析器并被一系列的离子光学引导，这种离子光学，利用梯度真空下的RF和DC电压或磁场，调整电压。使带有相反电荷的离子到达靶向分析物，中性离子在此过程丟失，而感兴趣的离子被聚成狭窄的光束。
质量分析器基于质量电荷比值（m/z）检测和控制离子，并终将选取的离子导向电子倍增管并检测它们。肺癌转诊治疗后，质量分析器多种多样，但常用于蛋内组学分析的有3种：飞行时间质量分析器（TOF）、离子阱和四极质量分析器。