离子阱可以呈现多种结构，但通常依据离子的质量电荷比值（m/z），在氦气的存在下利用变化的电压，在稳定的震荡轨迹中捕获离子。变化的电压诱导产生共振激发，致使前驱离子在可控的情况下依次驱向检测器。出国看病服务机构携康国际介绍到，然后改变电压以给予足够的动能，而使前驱离子与氦气发生碰撞，从而产生更小的碎片或产物离子（MS/MS），这些产物随后被导向探测器。
更新的变型如Or-bitrap，可提供更高的质量精确性和更可信的结构数据。四极质量分析器（quadrupole）由一系列4个平行杆组成，通过这些平行杆应用RF电流，在大的范围内传播离子。出国看病过程中，可以利用RF和DC电压的组合，依据m/Z进行筛选。
只有具有特定m/z的离子，才能被特定的电压传输，未被选择的离子具有不稳定的轨迹，并与杆发生碰撞。三重四极质谱仪由一系列四极构成，其中第一个（Q1）和第三个（Q3）四极作为质量过滤器。而中间的四极作为碰撞单元，使用气体如氩气（Ar），与来自产物片段或产物离子中分选的前驱离子作用，从而产生碰撞导致分离（CID），然后 被传递到Q3进行出国看病过程的检测和筛选。
出国看病服务机构携康国际介绍到，这些质量分析器差异巨大，体现在检测低丰度离子（敏感性）、区别不同m/dk值离子的能力（分辨率），可以确定精确质量的程度（质量准确性），以及小和大m/z限度（质量范围）等方面。它们的差异还体现在进行串联质谱分析的能力上，即首先分离出前驱离子，然后将其分解为产物离子以用于进一步分析。
多肽片段化以可预测的方式发生，以产生诸如氨基酸序列或转录后，蛋A改建等结构方面的信息。混合型设备包含不同类型的质量分析器，例如四极飞行时间质量分析器，其可以综合各自的能力、发挥各自的特点。出国看病后了解到的离子源和质量分析器的选择，取决于特定的应用目的。