这种方法，可以在大量组织或细胞样本中检测一组蛋白。正相蛋白芯片主要用于检测不同蛋白质，如细胞因子、化学趋化因子、信号通路分子和（或）癌症生物标记物。淋巴瘤转诊治疗后发现，多种蛋白芯片在临床中，用于传染性疾病或免疫功能障碍疾病的诊断。
例如感染的诊断，其可以检测血清或血菜中的自身免疫抗体，对系统性疾病的诊断有辅助作用，如系统性红斑狼疮、混合性结缔组织病、未分化结缔组织病、干燥综合征、硬皮病、皮肌炎、多发性肌炎、类风湿性关节炎、肢端硬皮综合征及雷诺病。
淋巴瘤转诊治疗机构携康国际介绍，反相蛋白芯片将不同的样品，固定在固相玻片上，以作为抗体的检测指标。质谱仪通常包含4个部分，即离子源、离子光学、质量分析器和检测器。样本的离子通过直接离子化或者释放，已经形成的离子获得，离子通过离子源进入质谱仪。
离子光学引导带电的检测物，从离子源到达质量分析器，此过程中不接触质谱仪内部组分，从而避免离子被中和、丢失。淋巴瘤转诊治疗后，质量分析器依据质量电荷比值（m/Z）选择并控制离子。检测器检测质量分析器分选的离子，相对信号强度会弱些。