活检组织中，证明有真菌成分对明确诊断是必需的。当高危出国看病患者无法进行组织活检时，呼吸道培养物阳性高度预测侵袭性疾病。半乳甘露聚糖（黑曲霉）和葡聚糖，是用于诊断侵袭性真菌感染的血清学方法。其中半乳甘露聚糖对曲霉菌的诊断具有高度敏感性和特异性。部分真菌不产生半乳甘露聚糖和葡聚糖，这意味着阴性检查结果，不能排除侵袭性真菌感染。
血清半乳甘露聚糖和葡聚糖阳性，有助于早期确定真菌感染。侵袭性曲霉菌病的治疗，选择伏立康唑6mg/kg,静脉注射，每12h 1次，24h后调整为4mg/kg,静脉注射。其他治疗选择包括：大剂量两性霉素B脂质体制剂15mg/(kg.d);两性霉素B 1~1.5mg/(kg.d)];卡泊芬净（负荷剂量70mg,随后50mg/d，静脉注射）已批准用于治疗侵袭性曲霉菌病患者，这些患者对两性霉素B无效或不能耐受。
在可行的情况下，应尽早考虑手术切除。镰刀菌是引起中性粒细胞减少患者，肺部感染更加少见的病原菌。可使用伏立康唑及大剂量两性霉素B。疗效通常取决于中性粒细胞恢复。暗色真菌如足放线病菌、链格孢、双极霉菌、分枝孢子菌属、万吉拉菌属是引起中性粒细胞减少患者，肺部感染罕见的病原菌。佳治疗方法尚未确定，并且强烈建议向传染病学专家咨询。
细胞介导免疫缺陷患者的肺部浸润，除肺炎常见的病原菌外，细胞介导免疫缺陷患者处于耶氏肺孢子菌、诺卡菌、病毒感染的高风险，也处于军团菌、分枝杆菌及真囷感染的局风险。应行支气管镜获取来协助诊断。
经验性抗生素治疗，包括覆盖军团菌的细菌病原体的氟诺酮类，以及覆盖肺孢子菌等。根据临床表现，也应考虑给予抗真菌及抗病毒治疗。肺孢子菌肺炎患者常表现为：快速发作呼吸困难、干咳、缺氧和发热。在HIV感染患者及干细胞移植受体者中，肺孢子菌肺炎临床表现可能更加隐匿。