可累及皮肤、眼、口腔、肺、胃肠道、肝脏、泌尿生殖道以及肌肉骨骼、免疫和造血系统。此类移植物抗宿主病的临床表现与一些自身免疫性疾病相似，如关节炎、免疫性细胞减少症、多发性肌炎和皮肤硬皮病，肠胃道和肺的变化也可见。治疗所有接受异体造血干细胞移植的患者，都需接受预防性治疗以减少严重并发症的出现。
尽管如此，大多数患者移植后均会出现一定程度上的GVHI。移植后出现与移植物抗肿瘤作用相关，因此，在某些情况下移植物抗宿主病可能是有益的。除非出现全身性症状，I级患者不需要接受额外治疗。患者一经确诊通常予以钙磷酸酶抑制剂治疗，同时阑整剂量以达到有效血药浓度。类固醇、麦考酚酯或雷帕霉素等药物可以进一步抑制T淋巴细胞功能。亦可应用抗胸腺细胞球蛋白或赛尼哌。
出国就医服务机构携康国际介绍，针对特异性器官损伤可予以特殊治疗，如处理局部皮肤损伤,应用抗蠕动药、抗分泌药（奥曲肽）和胆汁酸，治疗包括钙抑制剂、皮质激素、麦考酚酯、雷帕霉素和沙利度胺（200〜1600mg/d)。体外光化学疗法，患者并发感染的风险增加，因而需要针对感染予以预防性或早期治疗，监测免疫球蛋白水平，球蛋白减少严重的患者可静脉输注免疫球蛋向（丙种球蛋白）。
支持治疗措施包括局部类固醇药物、皮肤润滑剂、滴眼液、人工唾液，口腔感染可用制霉菌素或阿昔洛韦治疗。表现为硬皮病的移植物抗宿主病患者，若病变局限可采用物理治疗。患者应该防晒，避免阳光曝晒。尽管许多抗菌疗法的进展改善了存活率，但感染性并发症，依然是异体或自体造血干细胞移植患者术后发病，和死亡的常见原因。
出国就医服务机构携康国际介绍，预防性治疗可导致长时间的重度中性粒细胞减少症，此类患者并发感染的危险性增高。常见的致病菌有革兰阳性菌和革兰阴性菌，以及念珠菌、曲霉菌和其他真菌感染。移植术后的患者无论是预防性用药或是早期出现发热或感染迹象，均应及时应用广谱抗生素和抗真菌制剂。疱疹病毒感染再激活很常见细胞病毒感染，是同种异体移植术后的重要问题。
感染通常发生在移植术后。治疗可用更昔洛韦（5mg/kg每12小时静注，连续3周）。巨细胞病毒性肺炎患者，应同时予以静脉注射免疫球蛋白（500mg/kg，隔日1次，共用10次）。出国就医服务机构携康国际介绍，腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感及其他病毒的感染较严重，死亡率较高，所以治疗应该尽早进行，可用利巴韦林、阿糖腺苷、丙种球蛋白或其他抗病毒制剂。