虽然质子重离子毫无疑问是当前科技水平下，放射治疗的更优选择，但它并非“包治百病”的神器，而是有自己特定的用途。
 
本质上，质子重离子治疗还是属于一种局部治疗，或者可以看成一种粒子形态的手术。而手术的适应范围自然更多是早中期的癌症，而且局限在实体瘤。
 
谁更适合质子重离子治疗？
 
理论上讲，低损伤的质子重离子治疗适合所有非禁忌条件的实体瘤患者。但由于费用相对于光子放疗要高出很多，所以现实中，下列情况下患者应用质子重离子治疗会更多。
 
从肿瘤位置角度看，质子重离子治疗更适合中枢神经系统肿瘤（如脑膜瘤、垂体瘤等），颅底肿瘤（如软骨肉瘤），头颈部肿瘤（如鼻咽癌），胸部肿瘤（肺癌、食道癌），腹盆腔肿瘤（如胰腺癌、前列腺癌），肉瘤（尤其位于颅底、脊髓或腹膜后）等。
 
对于病灶位置特别刁钻、涉及的组织器官特别重要（如脑、眼、脊髓、心脏等），常规手术、放疗实施难度大或无法实施的肿瘤，质子重离子治疗也更加适合。  
尤其是对脑瘤患儿，如果符合适应症，通过使用这种疗法，可以大幅减少放疗的放射性沉积，很好地控制儿童关键脑区的辐射剂量，对儿童正在发育的健康脑组织更为有利。
 
美国约翰·霍普金斯金梅尔癌症中心的儿童放射肿瘤科主任Matthew Ladra曾明确表示，在许多儿科患者中，质子治疗可显著降低因放射引起的并发症风险，并减少儿童未来发生与放疗相关的癌症风险。
从治疗选择角度看，质子重离子治疗更适合无法耐受（或主观拒绝接受）手术的患者。尤其是年老、身体衰弱、合并多种疾病的老人。
 
需要注意的是，对于血癌类（如白血病）患者、胃肠等空腔脏器癌症患者、已经发生多处远端转移的癌症患者，暂不适合质子重离子治疗。