当原发灶得到控制时，根治性放疗可控制90%左右的局部淋巴结病变(N1)，但如果原发灶复发，将有20%以上的患者再次出现淋巴结转移。单药治疗晚期原发性肿瘤或局部转移患者5年总生存率低于25%。
　　放化疗联合局部控制Ⅲ、Ⅳ期扁桃体癌有效，故手术常被避免。另外，HPV感染对扁桃体癌患者的预后有很强的预测作用。
　　总之，除非下颌骨受到严重侵犯，否则手术很少用于治疗晚期扁桃体癌。如果计划手术治疗，手术后需要其他治疗。舌根癌比扁桃体癌更难治疗。这种肿瘤是隐匿的。大多数患者发现较晚，导致局部转移，治疗致残率高，生存期短。
　　即使是很小的舌根肿瘤，手术治疗也必须彻底切除，这将导致功能缺陷，因此，大多数舌根肿瘤都是放疗加化疗或不加化疗的方法。这类似于扁桃体癌的治疗。
　　由于舌根淋巴引流丰富，75%的患者为di期和IV期病变。T1或T2患者出现多发、双侧或对侧转移并不少见.