质子治疗可用于治疗多种肿瘤，包括肺癌、胃癌、肝癌、乳腺癌、子宫瘤、卵巢癌、胰腺癌、膀胱癌、结直肠癌、脑肿瘤、骨癌、 食管、癌鼻咽癌、胆囊癌、白血病、舌癌、鼻腔癌、骨肉瘤、小肠肿瘤、甲状腺瘤、冠心病、心脏瓣膜病、先天心脏病、抑郁症、精神分裂、老年痴呆、癫痫、帕金森、小儿脑瘫、肝母细胞癌、肾母细胞癌、横纹肌肉瘤、淋巴瘤、神经母细胞瘤、甲状腺瘤。