头颈鱗癌的基因组高度不稳定
picker等国外专家对口腔鳞状细胞癌的基因异常进行了详细分析，发现32%的患者是三倍体，37%是四倍体或多倍体以上，11个区域片段增多，33个区域缺失。总的来说，74%的肿瘤至少有20个拷贝数的改变，表明头颈部鳞癌的基因组高度不稳定。
这些异常包括染色体8q+(63%)、3Q+(58%)、癌基因CCND1(22%)、EGFR(16%)、myc(9%)和TP63(26%)以及含有cd-kn2a的染色体18q-(58%)、8p-(53%)、9p(32%)片段丢失。基因拷贝数(CNA)的变化通常与编码基因mRNA水平的变化有关，而microRNA很少受到影响。DNA甲基化也经常发生，尤其是在吸烟者的头颈部鳞状细胞癌中。
目前，也有研究证实特定相关基因的改变，或参与头颈部鳞癌的发生，尚需进一步研究。在通路编码方面，p53和Rb通路蛋白基因也是调控细胞周期的关键基因。
头颈部鳞状细胞癌常发生p53突变或HPV癌基因感染。TP53位于人类染色体17pl3上，约60%-80%的头颈部鳞癌患者会有相关的体细胞突变。
在p53显性阴性突变体过度表达、端粒酶逆转录酶(TERT)异常表达、细胞周期蛋白D1或对pl6ink4a不敏感的细胞周期蛋白和CDK4过度表达的共同作用下，黏膜角质形成细胞将在体外实现永生化